V každej ninjovskej dedine sa tiež nachádza tzv. Hlavné centrum. Väčšinou to býva najväčšia budova v dedine. Tam pracuje vodca dediny, aj s hŕstkou ďalších pracovníkov. Prijímajú a zapisujú tam všetky misie. Často si obyčajní ľudia platia ninjov, aby pre nich niečo spravili. V zozname misií sa však tiež môžu vyskytnúť aj misie zadané priamo vodcom, tie však väčšinou bývajú zložitejšie.

Misie sa radia do piatich kategórií, rozdelených podľa obtiažnosti.

D-misia (genin)

Napríklad: umývanie riadu, chytenie mačky, venčenie psov, trhanie zeliny, zbieranie odpadkov

Tieto misie sú najjednoduchšie a plnia ich len geninovia v trojčlennom tíme s jedným veliteľom. Boje sa v nich nevyskytujú. Najčastejšie D-misie sú robenia drobných vecí pre obyčajných ľudí, ktorí si za to platia. Preto sa plnia väčšinou priamo v dedine, alebo v blízkom okolí.

C-misia (chunin, genin)

Napríklad: vyprevadenie človeka do jeho dediny

Tieto misie sú už mierne zložitejšie a je tu aj isté riziko bojov. Ale C-misie nikdy nespočívajú vo vyhľadávaní bojov, skôr v ich vyhýbaniu sa. Jednoduchšie C-misie robia aj trojčlenní geninovia. Keby nastal boj, na to je tam džónin, aby ho ukončil. C-misie sa najčastejšie plnia mimo dediny.

B-misia (jounin, chunin)

Napríklad: doručenie veľmi dôležitého zvitku a porazenie všetkých nepriateľov po ceste

B-misie sú už dosť zložité a je veľmi pravdepodobné, že počas ich plnenia nastane boj. Tiež sa zväčša plnia mimo dediny, niekedy je dokonca potrebné až navštíviť vedlajšiu dedinu. Trojčlenné tímy geninov takéto misie (okrem kritických stavov) nedostávajú. Plnia ich len tímy skúseních chuninov alebo jouninov. Niekedy môže na takú misiu ísť napríklad tím: traja chuninovia a jeden veliteľ jounin.

A-misia (jounin)

Napríklad: útok na skrýšu nebezpečných zločincov

A-misie sú najnebezpečnejšie a najzložitejšie zo všetkých nekritických misií. Plnia ich len jouninovia, vodcovia dediny alebo kage. Väčšinou sú A-misie v zmysle vyhľadania boja.

S-misia

S-misie môžu byť ešte nebezpečnejšie než A-misie. Sú špeciálne, dostať ich môžu všetci nindžovia, ale len v kritických situáciách. Napríklad keď nepriateľská dedina zaútočí na inú, tak sa tam vyhlási stav núdze, a aj geninovia môžu dostať za úlohu zneškodniť nepriateľa.