V ninjovskom svete má každý ninja svoju hodnosť. Tým sa posudzuje aký je dobrý, kvalitný a koľko má skúseností. Podľa hodností sa ninjom tiež prideľujú misie.

Študent vo výcviku

Študent vo výcviku ešte nie je oficiálne uznávaným ninjom. Zatiaľ sa len trénuje a učí základné veci pre plnenie misií a ochraňovanie dediny. Tiež sa môže naučiť nejaké základné techinky. V Listovej dedine bola postavená ninjovská akadémia. V takejto škole sa učia všetky prípravy na to, byť ninjom. Aj teoreticky, aj v praxi. V akadémii študentov najčastejšie učí ninja s hodnosťou chunin.

Genin

Keď študent vo výcviku zloží skúšku, stane sa geninom - ninjom začiatočníkom. Takýto ninja sa pridelí k trojčlennému tímu geninov, ktorému velí najčastejšie jeden jounin. Takže v jednom tíme sú traja geninovia a jeden veľitel, jounin. Takéto tímy najčastejšie dostávajú misie typu D, výnimočne C, čo sú najjednoduchšie misie. Na tejto úrovni sa nachádza aj hlavný hrdina Naruto.

Chunin

Pre získanie tejto úrovne musí genin zložiť veľmi zložitú skúšku, Chunin exam. Ninja úrovne chunin sa môže stať napríklad učiteľom neskúsenejších (geninov), alebo môže byť povelený na velenie menším skupinkám. Chuninovia obyčajne dostávajú misie typu C, výnimočne B. V misiách typu B sa často už vyskytujú aj tažšie súboje. Takýto ninja má možnosť nosiť špeciálnu vestu s celým základným príslušenstvom ninju.

Špeciálny Jounin

Špeciálny jounin je niekto, kto je síce joninom, ale špecializuje sa na nejaký jeden obor, napríklad taijutsu.

 

Jounin

Jouninom sa môžu stať len ninjovia so schopnosťou ovládať dva elementárne druhy techník. To môžu zistiť čiastočne pomocou špeciálnych lístkov. Takíto ninjovia bývajú povelení na velenie tímov, napríklad tímu troch geninov. Samostatne, alebo v tíme s inými jouninmi, dostávajú misie typu B a typu A, čo sú misie na veľmi vysokej úrovni. Extrémne dobrý jounin, alebo v krízovej situácii môže dostať misiu typu S, čo je úplne najťažšia.

Liečiteľský ninja  

Ninja ktorý dokáže liečiť zranenie za pomoci svojej chakry sa nazýva liečiteľský ninja.Títo ninjovia sú v teréne veľmi silný a rýchli, aby sa vedeli vyhnúť a ubrániť každému útoku. V tímoch sú veľmi vážený, asi  preto, lebo sa vyskytujú len zriedka.

 

Legendárny Sannin

Sanninovia sú dokopy traja. Tento špeciálny výraz bol vytvorený pre troch učencov Tretieho Hokageho, ktorími boli Džiraija(Jirayia) , Cunade(Tsunade) a Oročimaru(Orochimaru).Spľňajú misie  typu S.

Kage

Kage (slovensky.: tieň) je veliteľ celej ninja dediny a väčšinou je práve aj najsilnejší ninja zo všetkých. Ninjou úrovne Kage môže byť v jednej dedine aj viac (v prípade že Kage, ktorý je práve "vo funkcii", prenechá svoje postavenie niekomu inému), ale len jeden môže byť naraz vo funkcii. Kageho úlohou je kontrolovať celú dedinu a prideľovať misie. Toto oslovenie pre svojho vodcu môže používať len päť najsilnejších dedín. Každá má pri tom špecificky prispôsobenú predponu názvu. Listová dedina má predponu ho, teda Kage z tej dediny je nazývaný Hokage. Dedina Hmly: Mizukage, dedina piesku: Kazekage, Dedina Hromu: RaiKage. (Existuju aj iní kage, napr: Hoshikage).