Nevynechateľnou časťou seriálu Naruto sú ninjovské boje. Ninjovia bojujú veľmi často, či už ako tréning, na skúške, alebo s nepriateľom počas misie. Ninjovia používajú v boji rôzne zbrane, najčastejšie však kunaie a šurikeny. Okrem zbraní nindžovia v boji používajú rôzne techniky, tzv. džucu (jutsu). Pre použitie nejakej techniky je potrebné využiť svoju energiu, čakru (chakru).

Jutsu sa delí na:

Taijutsu (Tajdžutsu)

Bojuje sa telom a nepoužívajú sa pri tom žiadne špeciálne techniky či ilúzie. S tai-jutsu sa spája "boj bez zbrane" (ang.: hand-to-hand combat). Bez taijutsu sa nezaobíde žiaden ninja, to je základ. Pri taijutsu sa však tiež používa čakra. Môže to byť napríklad na zlepšenie vlastností svojho tela, alebo na presnejšie smerovanie svojej čakry do určitých bodov tela. Tai-jutsu spočíva na prirodzených obratoch tela a nemá nijaké predurčetné postoje. Jeho cieľom je zničiť protovníka čo najúčinejšie a s najmenším počtom pohybov. V Narutovi je majstrom tai-jutsu napríklad Rock-Lee.

Ninjutsu (Nindžucu)

Najničivejšie techniky pochádzajú práve z tejto kategórie. Pre každé ninjutsu je potreba nejaké množstvo čakry. Najzákladnejšie techniky ako Premena (jap.: Henge; ang.: Transform), Klon (jap.: Bunšin; ang.: Clone), či Náhrada (jap.: Kavarimi; ang.: Replacement) sa v Listovej dedine učia ešte v akadémii.

Princípom ninjutsu sú dve časti. Prvou je elementárna rekompozícia (druhy elementov sú oheň, vietor, blesky, zem a voda) a druhou spektrálna kontrola. Spojením týchto dvoch techník sa dá vytvoriť najmocnejšia z techník v celom svete. O toto sa snažil aj Štvrtý hokage, ktorý však neuspel. Narutovi sa túto techniku podarilo vytvoriť z polovice (známa aj ako Rasen šuriken), čím sa stal mocnejším než Kakashi.

Niektorí ninjovia ovládajú dva elementárne druhy techník, ktoré sa nazývajú Pokrvné techniky(jap.: Kekkei Genkai; ang.: Bloodline limit). Väčšina ninjov ovláda len jeden druh a tí, čo ovládajú až dva majú možnosť stať sa jouninom. Majitelia Rin Neganu, pokrvnej techniky, najmocnejšieho dójutsu (slovensky: technika očí, napr. šaringan, bjakugan, rin negan), z ktorého pochádza ninjucu samotné, dokonca ovládajú všetky.

Genjutsu (Gendžucu)

Táto skupina techník umožňuje ninjovi využívať ilúzie na pomätenie alebo vystrašenie súpera. Postupom je napadnúť zmyslové orgány obete (najčastejšie pomocou očného kontaktu), infikovať ich vlastnou čakrou a následne ich oklamať. Pri používaní týchto techník sa vždy musí použiť nejaké médium. Itachi Uchiha, jeden z najväčších majstrov gendžucu používa okrem sharinganu ako médium svoj prsteň. Zrušiť genjutsu sa dá niekoľkými spôsobmi, a to zvonka alebo zvnútra. Zvonka je to najjednoduchšie bolesťou, vďaka nej sa najľahšie človek dostane von z ilúzie. Potom je to možné riešiť aj technikou zvanou ako Zrušenie (jap.: Kai; ang.: Dispel), ktorá patrí medzi základné techniky. Tieto techniky buď použije niekto zvonka, alebo to môže spraviť aj sám napadnutý. Je to možné pomocou sústredenia svojej chakry a jej následného uvoľnenia.